玉髓天珠和玛瑙天珠的透明度不同，玉髓天珠透明度较高，玛瑙天珠的透明度较低。底色分布不同，玉髓天珠的底色比较均匀，颜色常常一致，玛瑙天珠的底色混杂交织，常常构成各类图案。自然纹理不同，玉髓天珠纹理少，玛瑙天珠有条带状纹理。

1、透明度不同

玉髓天珠

玉髓天珠和玛瑙天珠的透明度不同，玉髓天珠透明度较高，玛瑙天珠透明度较低。把它们放在光线明亮的地方进行观察，光线通过较多的是玉髓天珠。

2、底色分布不同

玛瑙天珠

玉髓天珠和玛瑙天珠的底色分布不同，玉髓天珠的底色比较均匀，常常颜色一致，不会混杂，玛瑙天珠的底色混杂，相互交织，会构成各类图案。但玛瑙天珠体积较小时，可能不会见到底色混杂的情况。

2、自然纹理不同

玉髓天珠

玉髓天珠和玛瑙天珠的自然纹理不同，玉髓天珠的自然纹理较少，或不存在，玛瑙天珠的自然纹理较多，常常有条带状纹理。用放大镜对它们进行观察，透过天珠纹路能看到较多自然纹理的是玛瑙天珠。